Hallo drm,
genau das meinte ich, Namenskonflikte verhindern ist immer gut. Allerdings sind bei Lilypond (zumindest bei Version 2.12 noch) keine Ziffern in Namen erlaubt, deshalb hätte ich römische Zahlen vorgeschlagen, also sopranoI, sopranoII, ..., sopranoCCCI. (Du kannst natürlich auch das 26er-System verwenden und zwei Buchstaben als Nummer nehmen, also aa, ab, ac, ..., az, ba, bb, bc, ..., lk, ll, lm, ln, lo).
Zu den Pausen: Es ist allgemein üblich, bei einstimmigen Stücken die Pausen mittig zu setzen, Lilypond macht das auch automatisch mit r4. Wenn man allerdings ein polyphones Stück hat, kann es sein, dass kein Platz für die Pausen ist, weil da andere Noten stehen. Dann werden sie hoch oder runtergesetzt, auch das macht Lilypond bei Eingabe von r4 automatisch. Mit dem Befehl \rest, der auf eine Note folgt, kann man die vertikale Position erzwingen, eben wie du es mit a'4\rest gemacht hast. Wenn du sie in die Mitte zwingen willst, muss es im Violinschlüssel aber b'4\rest und im Bassschlüssel d4\rest heißen.
Gruß
Malte