Edit: ich habs grad ausprobiert; #'stencil = ##f führt nicht dazu, dass die Noten direkt übereinander gesetzt werden.
Hallo fugenkomponist,
stimmt, das allein tut es nicht.
Ursache für die Verschiebung sind aber nicht in erster Linie die Hälse - das "Phänomen" tritt nämlich auch auf, wenn man ganze Noten verwendet, die schon von Natur aus keine Hälse haben.

Stefans ursprüngliche Version
\new Staff \Tenor \Baritonist eigentlich die Wurzel des Problems.
Mit
\partcombine, wie von Dir vorgeschlagen, oder
\new Staff << \Tenor \\ \Bariton >> wird die Sache klar, denn da werden die "Stimmenzuordnungen" implizit gesetzt.
Wahlweise kann man das natürlich auch manuell tun mit
\voiceOne,
\voiceTwo usw., eventuell auch
\oneVoice.
Lilypond ist jedenfalls immer für eine Überraschung gut.

Viele Grüße
Torsten