Ich denke mal, dass die versteckten Noten nötig sind (zumindest für die Glissandi im ersten Fall); je nachdem, was du unter „durcheinanderbringen“ verstehst, gäbe es verschiedene Abhilfe:
• Noten sollen im MIDI nicht klingen: Arbeite mit \tag #'score und \tag #'midi
• Noten nehmen horizontal Platz weg: Denen kann man sicher irgendwie eine Spacing-Breite 0 geben
• Kadenz bringt Taktlänge durcheinander: Probiers ohne Kadenz oder setze die measure-position von Hand später richtig.
• Irgendwas anderes: Da hängt jetzt einfach viel von deinem Anwendungsfall ab, was hast du denn vor?