Nun, das Minimalbeispiel muß schon das Problem zeigen.
Insoweit versuche doch bitte mal einzelne Staffs komplett auszukommentieren, falls das Problem fortbesteht lösche diese. Verfahre genauso mit Zeilen, Zeile drei wird wohl dasselbe Problem zeigen, also alles in Zeile 3 bis zum Ende löschen.
\header: löschen, es sei denn das Problem zeigt sich nicht mehr.
Und so verfahre mit jedem einzelnen Code-Bruchteil.
siehe auch:
http://www.lilypond.org/doc/v2.19/Documentation/usage/troubleshooting.de.htmlUnd poste dann was übrig bleibt.
Natürlich gibt es einen Befehl der die KeySignature versetzt, jedoch sollte so was wie in Deinem Bild überhaupt nicht vorkommen.
Also handelt es sich entweder um einen bug (was mich interessieren würde) oder etwas anderes in Deinem file verursacht diese Häßlichkeit. Es ist im allgemeinen nicht sinnvoll sowas mit Gewalt geradebiegen zu wollen, indem man auf einen (wahrscheinlich) schlechten oder falschen Befehl einen weiteren aufpfropft.
Und die Wahrscheinichkeit ist groß, daß das dann auch schiefgeht. Insoweit sollte es Dich mehr interessieren wieso das überhaupt passiert. Deshalb das Minimalbeispiel.

Gruß,
Harm
P.S.
Hab gerade das Bild nochmal genau betrachtet.
Kann es sein, daß Du die `global-staff-size' runter, aber `fontSize' rauf gesetzt hast?
Sowas wie:
\version "2.18.2"
#(set-global-staff-size 14)
\relative c {
\set Staff.fontSize = 2
\key f \major
\clef alto
d1
}
?
Falls ja, so würde es mich nicht wundern, wenn Du noch zahlreiche Häßlichkeiten dieser Art beobachten müßtest. Falls es nur wenige sind wäre das eher ein Kompliment an LilyPond

Das Clef-KeySignature-spacing kannst Du mit folgendem Befehl gerade biegen
\override Staff.Clef.space-alist.key-signature = #'(minimum-space . 4.0)
Aber ich hege Bedenken ...