Ja, LilyPond/der Feta-Font kann tatsächlich anscheinend nur ganz normale Ziffern, diese vorwärts und rückwärts durchstreichen (zwei Zeichen übereinander, keine Ligatur o. ä.!) und ein + oder Vorzeichen voranstellen, Ligaturen wie 4+, durchgestrichene 6 etc. gibt es noch nicht (siehe dazu auch
http://lilypond.org/doc/v2.18/Documentation/notation/the-feta-font).
Der (relativ neue) Bravura-Musikfont scheint diese und viele andere Zeichen aber zu haben; es gibt wohl Bemühungen, LilyPond zusammen mit Bravura und weiteren SMuFL-Fonts zum Laufen zu bringen, jedenfalls sieht man
hier solche speziellen Generalbassziffern (leider ohne dazugehörigen Code, aber den gibts bestimmt auf der Projektseite).
Man könnte bei Gelegenheit natürlich auch probieren, Feta um diese fehlenden Zeichen zu erweitern, allerdings müsste man wahrscheinlich zusätzlich auch noch die Generalbass-Eingabe-Methode verändern/erweitern …